一、菌袋污染 造成大部分菌袋污染的直接原因是灭菌不彻底。在适宜的水分、温度条件下，菌袋内没有被杀死的杂菌开始繁殖，开始星星点点地分布在菌袋上，后来扩展成片。导致灭菌不彻底的原因：
（一）拌料时培养料没有吸透水，料内有生心，尤其是木屑、玉米心等质地较硬的培养料易发生这种情况。
（二）在灭菌过程中没有排尽冷空气，灭菌锅中始终被冷空气占据一部分，导致热循环不良。
（三）灭菌时间不足，或在灭菌过程中出现停火，或灭菌锅内菌袋摆放过多过紧，均会出现灭菌不彻底的问题。
二、菌丝生长缓慢
（一）菌种活力弱可造成菌丝生长缓慢。一定要到规模较大、信誉良好的单位购买菌种。菌种适宜菌龄为30～40天，菌丝洁白、浓密、粗壮，表明生命力强。
（二）菌袋装料过紧或含水量过高（高于65％），菌袋内由于没有充足的氧气，抑制了菌丝的生长速度。
（三）发菌温度过低，如小于20℃，且通风不良或培养料的酸碱度不适宜（适宜的pH值为7左右），也会造成发菌缓慢。
