管理工作主要是室内保湿保温、通风换气、病虫害防治以及搞好周围环境清洁工作。当堆放发菌五天时，在方胶布的外缘就可看到白色的菌丝，证明菌丝已经定植，等到所有袋子全部萌发好后（约7天），就可将袋子排放在预先搭好的层架上，可放密一些，温度保持在24℃～26℃，并要经常检查有无杂菌感染（每天至少一次），如有杂菌感染，可用75%的酒精注射杀灭。针眼要用胶布贴封，干燥培养。9～12天时要将胶布打开一点，以满足菌丝生长过程中对氧的需要，三四天后可见到白色水珠为正常现象。胶布开口后，要增加湿度，约在70%～75%之间，温度保持在22℃～25℃。
20天左右，便会有子实体出现，并伴有黄褐色水珠。应将水珠吹掉或轻轻擦掉，还要将胶布在原开口的基础上，再对开一口，以利增氧。当子实体长到花生米大小时，可将胶布完全取掉、子实体长满接种口时，要适当开大接种口，（开成20～30毫米）。扩大接种口的方法是将塑料薄膜沿接种口划破就可以了。注意不要进刀太深以免伤害菌丝，扩口要圆，这样长出的银耳朵形好。
完全取掉胶布后，要用报纸覆盖（报纸要消毒），每天要洒水1次，耳朵长到4公分大小时，就要取掉报纸，罩上用报纸褶成的纸船，每天洒水3次通风3次，撒完水就要通风，然后就加温。湿度要保持在75%～85%，温度保持在22℃～25℃，加水时用喷雾器进行，水要加的灵活，耳黄多喷，耳白少喷，天晴多喷，天阴少喷，一次不能加得过多，更不能直接加到耳朵上，以免影响产量。
通风工作对银耳生长关系较大，银耳是好气性真菌，室内郁闷不但不利银耳生长，还会引起杂菌感染，造成烂耳及虫害。通风应与保湿相结合，否则四周环境干燥，将不利丝和子实体生长。通风工作从第7天就开始进行，每天一次约半小时，最好在中午进行。20天后就要增加到每日3次。
水是参加银耳细胞内含物的组成成分，也是一切有机物中营养物质的溶剂和运输工具，营养物质只有在一定的浓度下才能被吸收，因此在管理过程中，既要注意培养基的含水量，又要保持一定的空气相对湿度。
加湿的方法是在墙壁、地面、空间喷雾。随着对湿度要求的增加，还要喷在覆盖银耳的报纸上。
