发菌是白灵菇栽培生产中非常重要的一个环节。菌丝生长的好坏直接影响到白灵菇的产量。如果菌丝长得不理想，后边的出菇管理得再好，其产量也不会太高。
白灵菇发菌理想的菌袋标准是：发菌过程中，菌丝浓密洁白，菌丝前端整齐一致。发菌完毕后，菌袋坚硬结实，用力拍打菌袋发出“砰砰”的响声。若将其掰开，可见有大量白色菌丝，这种菌袋出菇时不但产量高，而且出菇后期也不易被杂菌所污染。
白灵菇发菌阶段所需时间比其它菇种（平菇、金针菇）时间要长1倍多，一般为75—85天，这就特别要求在其发菌期要调控好菇棚环境，以利于正常发菌。
温：白灵菇发菌温度要求为，菌袋内的温度在20—24℃，菇棚内气温上限为30℃，若棚温过高，易出现菌袋“烧菌”现象。在北方大部分地区，8月中下旬正值白灵菇发菌阶段，这就要求广大菇农切实做好菇棚降温工作。方法：一是除下雨及大风天气外，菇棚昼夜始终保持通风状态。若是大棚，应在其后墙上设置通风口（高于地面 30厘米为宜）。二是在棚面上覆盖一层遮阳网进行降温。
湿：白灵菇发菌湿度要求为，应尽量控制在70%以下。若棚内湿度过大，菌袋易被杂菌所感染。控湿方法：地面撒施石灰，用于吸收水汽。
气：因白灵菇菌丝生长需要足够的氧气，生长量越大氧气需求量越大，所以在白灵菇的发菌过程中，必须结合温度和湿度管理进行必要的通风换气，其目的就是改善菇棚内空气条件，增加空气中的氧气含量。除注意菇棚内通风换气外，菌袋内氧气的供给也必须充分及时，否则袋内原料易产生厌氧发酵，影响菌丝生长。方法：在发菌进行到半月至20天时，进行一次菌袋倒堆是非常有必要的，即下部菌袋移至其上部，在这一过程中可增加菌袋内的氧气含量。而不建议采用“打孔增氧”的办法，因该法易增加白灵菇感染杂菌的机会。
